El Sistema Armonizado clasifica las mercancías por su naturaleza, composición o función, no por su nombre de marca. Un "lubricante premium" puede clasificarse de forma muy distinta según si es mineral, sintético o biodegradable, y cada clasificación tiene un arancel diferente. Este error es especialmente común en productos químicos, cosméticos y equipos con múltiples funciones.

El Decreto 5.198 de diciembre de 2025 introdujo la novena reforma arancelaria, modificando las tarifas de 735 códigos. Muchos importadores siguen usando clasificaciones de versiones anteriores del Arancel de Aduanas. El caso más extremo: la partida del azúcar (1701) pasó del 20% al 98% de arancel.

Cada código arancelario puede tener regímenes legales (RL) que exigen permisos previos al despacho: el RL 3 requiere permiso del MPPS para farmacéuticos, el RL 9 es el permiso COMEX, el RL 8 involucra SENCAMER. Presentar una DUA sin el régimen legal correcto detiene la operación automáticamente.

Cuando se importa un conjunto funcional, como una línea de producción para un propósito único, el Sistema Armonizado puede permitir clasificarlo bajo una sola partida mediante la Clasificación Arancelaria Única (CAU). Clasificar cada pieza por separado puede resultar en un costo aduanal significativamente más alto.

Es habitual usar la misma clasificación de una operación anterior como referencia. El problema es que las reformas arancelarias o cambios en la composición del producto pueden haber modificado la clasificación correcta. Cada importación merece una verificación independiente.